Utenos 7-oji vidurinė mokykla pastatyta 1990 m. Mokyklos direktorius Povilas Simanavičius. Naujoje mokykloje mokslo metai prasidėjo 1991 metais kovo 1 dieną. Mokinius ir mokytojus pasitiko 36 naujos klasės, sporto salė, aktų salės, valgykla, biblioteka, sporto stadionas. Mokykloje mokosi 713 mokinių.
1992-1993 m.m. mokosi jau 1022 mokiniai. Sukomplektuotos 47 klasės. Veikia 23 būreliai. Mokosi I-oji abiturientų laida (22 mokiniai).
1994 metais mokykla pavadinama Krašuonos vidurine. Mokyklai vadovauti pradeda Rolandas Gruodinskas. Mokykloje stengiamasi įgyvendinti tai, kas nauja, modernu. Aktyvėja kultūrinis, sportinis mokyklos gyvenimas: įkuriamas mokyklos etnografinis muziejus (istorijos mokyt. Vanda Baranauskienė ir Lilija Jovarienė), rajone ir respublikoje mokyklą garsina jaunieji maironiečiai (vad. lietuvių k. mokytoja Sofija Tvarijonienė), gerų rezultatų rajone pasiekia jaunieji sportininkai.
1996 metais sukuriama mokyklos emblema. Autorė - septintokė Justina Grigaitė.
1997 metais mokyklą baigia paskutinė 5-oji abiturientų laida.
Nuo 1997 09 01 mokykla reorganizuojama į Krašuonos pagrindinę. Pasikeičia struktūra ir pavadinimas, bet ugdymo tikslas nepakinta. Didžiausias dėmesys ir toliau skiriamas mokiniui, jo visapusiškam ugdymui. Mokykloje įvedama kabinetinė sistema. Vykdomi šalies ir tarptautiniai projektai. Organizuojamos pirmokų krikštynos, adventinė vakaronė, Užgavėnių šventė, Kaziuko mugė. Mokyklos skautai su draugais iš Čekijos dalyvauja karinėje-poilsinėje stovyklje “Aukštaičiai”.
1998– 1999 m.m. savo veiklą pradeda jaunieji patruliai. Kuriama biblioteka kaip informacinis centras. Pirmą kartą komplektuojamos dvi priešmokyklinio ugdymo klasės.
1999 - 2000 m.m. mokykloje vykdoma edukacinė jaunimo programa “Mokyklos radijas”, vaikų ir paauglių nusikalstamumo programa “Auklėjamasis teatro poveikis asmenybės formavimui”. Mokinių, turinčių negalias, integravimosi į bendrojo lavinimo mokyklą modelis pristatomas apskrities organizuotame projekte “Lygios teisės specialiųjų poreikių vaikams”. Sparčiai ir aktyviai į mokymosi procesą įtraukiamos informacinės technologijos. Puoselėjamas meninis mokinių ugdymas mokykloje. Ugdytiniai dalyvauja įvairuose konkursuose ir tampa laureatais.
2001 -2002 m.m. pirmą kartą parašomas tarptautinis SOCRATES projektas. Vykdant šį projektą užmezgami kontaktai su Austrijos ir Ispanijos mokyklomis. Toliau palaikomi glaudūs ryšiai su Čekijos respublikos Trčebon miesto 2-ąja pagrindine mokykla. Daugiau informacijos apie bendradarbiavimą rasite čia>>>
2003-2004 m.m įrengiamas trečias kompiuterių kabinetas, skirtas įvairių mokomųjų dalykų dėstymui, vienuolikoje pradinių klasių sukuriamos kompiuterinės darbo vietos. Pagal Utenos rajono savivaldybės finansuojamą projektą antrus metus iš eilės mūsų mokykla yra saugaus eismo centras. Pirmą kartą 3-4 ir 5-ųjų klasių mokiniai dalyvauja Kūno kultūros ir sporto departamento inicijuotų eksperimentinių Lietuvos kūno kultūros ženklo programų “Augu ir stiprėju” bei “Kasdien judėti” įgyvendinime.
2004-2005 m.m. sudaromas veiklos strateginis planas ir numatomi veiklos tobulinimo siekiai: spartinti turinio ugdymo kaitą; kurti pozityvią vidinę aplinką. Sukuriama 1-4 klsių mokinių pasiekimų knygelė, informacija 5-10 klasių mokinių tėvams pateikiama individualiuose mokinių pažangos ir pasiekimų lapuose.
Nuo 2005 metų mokykla dalyvauja Tarptautinės komisijos nacių ir sovietinio okupacinių režimų nusikaltimams Lietuvoje įvertinti inicijuotose Tolerancijos dienos akcijose ir minėjimuose.
Nuo 2005-2006 m.m. pradėtos įgyvendinti verslumo ugdymo programos: verslumo pradmenys 7-8 klasėse, remonto apdailos darbai 9-10 klasėse. Aktyvėja profesinio informavimo veikla.
2006 metų gegužės mėn. europiniame plakato konkurse „Europos sąjunga ir vaiko teisės“ užimta II - oji vieta. Apdovanojimą - Auksinę žvaigždę - Briuselyje įteikia Europos Komisijos viceprezidentas, Teisingumo, laisvės ir saugumo komisaras Frankas Fratini. 2009 metais lapkričio mėn. mokyklos komanda, patekusi į projekto "Europos rinkimų viešinimo kompanija Lietuvos regionuose: meninių instaliacijų kūrimo ir teatrališkų eitynių jaunimui organizavimas" nugalėtojų dešimtuką, laimi pagrindinį prizą - kelionę į Briuselį, lankosi Europos sąjungos institucijose.
Utenos Krašuonos pagrindinė mokykla yra projekto "Vaikų ir jaunimo olimpinis ugdymas šalies mokyklose 2006 - 2010 metais" narė. Mokykloje garbingai pristatyta Lietuvos Respublikos Olimpinė vėliava.
2007 metais įkurtas profesinio informavimo taškas (PIT). 2008 metais PIT akredituotas.
2008 metais vasario 16-ąją, Lietuvos valstybės atkūrimo 90-osioms metinėms skirtame koncerte, pašventinta Utenos Krašuonos pagrindinės mokyklos vėliava.
2009 metais diegiama OLWEUS patyčių prevencijos programa. Mokykla keičia savo veidą. 2009 metais pradėta mokyklos rekonstrukcija.
